格鲁派有六大名寺，其中在乌斯藏的就有位于拉萨的三大寺和位于日喀则的扎什伦布寺。

        拉萨的三大寺包括甘丹寺、哲蚌寺和色拉寺。

        甘丹寺位于拉萨城东北的卓旦沃切山，由格鲁派创始人宗喀巴所建，是格鲁派的祖寺，寺中主持称“甘丹赤巴”，是唯一由选举而不是转世而来的，地位仅次于达#赖与班禅。

        哲蚌寺位于拉萨城西部的格培乌孜山，格鲁派最有影响的达#赖就是在这里修行，寺主称“哲蚌赤巴”，一般由达#赖所兼任，著名的布达拉宫就位于哲蚌寺。

        色拉寺位于拉萨城北郊的色拉乌孜山，寺主称“色拉赤巴”，有时也是由达#赖兼任，色拉寺是培养武僧的基地，进入中原地区的佛教黄派武林高手，多半出自色拉寺。

        而扎什伦布寺位于日喀则西郊，是班禅的修行地，当然此时还没有班禅的封号，“班禅”是大清顺治二年（公元1645年）由顺治赐封的。

        但扎什伦布寺的寺主地位极高，甚至高于甘丹寺的甘丹赤巴，每逢达#赖去世后，寻找转世灵童、处理政务工作时，他都临时主政，地位可见一斑。

        但由于日喀则地区人口远远少于拉萨，经济收入不如拉萨地区的寺庙，所以班禅在黄教中地位屈居达#赖之后。

        让人觉得不可思议的是，四大教派虽然各有自己的传统领地，但都在整个藏人区广建寺庙，因此，格流派的寺庙往往混杂在一起，给各流派的纷争埋下种子。

        乌斯藏是大明土地上少有的政教合一的地区，其宗教纠纷也与地方政权有着千丝万缕的联系。

        从蒙元开始，统治乌斯藏的首领是来自山南地区桑日县的帕木竹家族，首领被赐封为“大司徒”，大明建国后，洪武帝赐封为“兰花王”。

        后来政权被当地的朗氏家族继承，以乃东县为统治中心，主要活动在前藏地区，也就是拉萨。

        随着帕木竹政权逐渐**，各地方首脑渐渐建立自己的势力范围，成尾大不掉之势，这些地方首脑的职务，沦为终身制，后来又称为世袭制。

        后来，帕木竹政权的外戚格氏家族逐渐取得对地方的控制，建立了以日喀则为中心的实质上的政权，藏人称之为“仁布巴”，大明朝廷也予以认可，嘉庆四十二年（公元1563年），仁布巴的家臣辛厦巴才旦起兵反叛，辛厦巴家族控制了乌斯藏地方政权，首领称“第斯藏巴汗”。

        大明万历四十年（公元1613年），继任者彭措南嘉控制了阿里地区，这一地区的许多小国都被占领，除古格王朝外，整个乌斯藏基本上为辛夏巴家族所控制。

        但辛厦巴家族崇尚噶举派（白教），极端仇视格鲁派（黄教），仇视格鲁派给藏传佛教带来的革命性大洗牌，因此，常常武力威胁格鲁派。

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