杨烜创造了司令部制度，完善了指挥体制。在部队层面，则充分发扬军事民主，提高部队凝聚力。

        营、连一级成立军人委员会，通常由副营长、副连长担任委员会主任，士官长担任副主任。军人委员会定期召开会议，就部队管理、伙食、战术等问题展开讨论。讨论结果不具有执行力，供营长、连长参考。

        总司令部，师、团司令部成立执行委员会，简称执委会，由总司令、师司令、陆师团长、水师支队长担任执行委员会主任。副司令、副团长、副支队长为执行委员会副主任，参谋机关、军政机关、后勤机关负责人为委员。

        如果说司令部是部队的领导机关，执委会则相当于司令部的领导机关。但凡部队重大事项，都由执委会讨论决定，交由主任签发。情况紧急时，由主任临时专断。

        营、连一级参照设立执行委员会，由军官、士官长组成。

        设立执行委员会、军人委员会，可以在制度层面保证军事发主。

        五、黑旗军要履行多种职能。

        除了行军打仗，还要组织政府、平均地权、开矿设厂、大办学校、宣传教育等。

        譬如，黑旗军攻占南宁，就要组织军政府。为了提高效率，政府应由军队接管，采取军政府的形式。

        要实行“均田免赋”，就要把地主的土地平分给农民。这就要统计人口，测量土地，设计分地方案。这些工作，也只能由军队来承担。

        再譬如，要大办学校，但一时招募不到许多合格教师，就要组织教学培训，从军中选拔教学骨干，从民间遴选优秀知识分子，把民间知识分子培养成合格教师。

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